Ang lugar na ito ay nasa hilagang bahagi ng bayan ng Mabini. sinasabi sa kasaysayan na noong una, ang Barangay San Juan ay sityo ng Mainaga na kung tawagin ay "Nag-ilong", buhat sa hugis ilong na puno ng balete na matatagpuan sa pagitan ng San Juan at San Pedro.

Ayon sa ilang mga mapagkakatiwalaang tao, ang nayon ng San Juan ay inihiwalay sa nayon ng Mainaga noong taong 1948. Noon, ay may humugit-kumulang sa anim na pung (60) bahay ang nakatayo at humigit-kumulang sa tatlong daan (300) ang bilang ng mga mamamayang naninirahan. Taong 1937, nang magsimulang manungkulan si G. Hermogenes Silang bilang Tinyente del Barrio ng sityo ng Mainaga.

Nang taong 1948, pinalitan ang pangalang "Nag-ilong" at tinawag na San Juan na hinango sa pangalan ng Santong si Santo San Juan. Naganap ang pangyayaring ito sa panahon pa rin ng panunungkulan ng yumaong si G. Hermogenes Silang na umabot hanggang sa taong 1949. Ang sumunod naman sa kanya ay si G. Arsenio Villanueva na nanungkulan mula sa taong 1949 hanggang 1966. Ang pangatlong nanungkulan bilang Kapitan ng Barangay ay ang yumaong si G. Manuel Arguelles na naglingkod mula sa taong 1967 hanggang 1982. Sa kanyang pagyao na naganap samantalang hindi pa natatapos ang takdang panahon ng kanyang panunungkulan ay humalili sa pamumuno ng Barangay si G. Mariano Vertucio na nanungkulan mula 1983 hanggang 1984 na kung kailan, siya ay nagbitiw sa kanyang panunungkulan. Sa panahong ito ay pumasok naman si G. Bernardo Cepillo na siyang nagpatuloy maglingkod sa nabakanteng pwesto hanggang 1985. Nagkaroon ng local election noong 1985 at ang nanguna sa nabanggit na halalan upang sumunod na manunungkulan bilang Kapitan ng Barangay ay si G. Vertucio de Robles na nanungkulan mula 1985 hanggang 1997. Nagkaroong muli ng halalan at ang tagumpay ay sumakamay ni G. Romeo Vertucio na siya pa ring kasalukuyang nanunungkulan bilang Punong Barangay sa panahong sinusulat ang kasaysayang ito ngayong taong 2001.

Sa pagbabalik tanaw sa mga taong naging kawaksi ng mga naunang kapitan ng barangay sa pag-ugit sa pamahalaang nayon, ay ang mga naging konsehal na tulad nina G. Cayetano Paglinawan, G. Melecio Gonda, G. Isidro Gonda, G. Alejandro Silang, G. Abeth Dalangin, G. Leocadio Silang, G. Tomas Castillo, G. Pedro Agena, G. Mariano Vertucio, G. Castillo, Bb. Paz Agena at G. Flaviano Banta.

Ang grupong nabanggit ay sinundan namman ng mga opisyales na kinabibilangan naman nina G. Pedro Gonde, G. Catalino Gonda, G. Roman Silang, G. Pedro Marasigan Jr., G. Tomas Nagboo, G. Mariano Vertucio, G. Manuel Arguelles Jr., (Brgy. Secretary) at G. Pedro Agena (Treasurer).

Maituturing ng mga bayani at kayamanan ng isang pamayanang tulad ng Barangay San Juan ang pagkakaroon ng mga mamamayang sa pamamagitan ng pagsisikap at pagpupunyagi ay naging matagumpay na sa iba't - ibang larangang ngayo'y kanilang kinabibilangan. Ipinagmamalaki ng Barangay San Juan ang kabyang mga guro, inhinyero, narses, dentista, abogado, accountant, social workers, radio operators, midwives, sundalo, negosyante, mekaniko, electrician at iba pang uri ng trabaho o propesyon, at naging mga matagumpay na empleyado sa iba't - ibang pagawaan sa lalawigan ng Batangas at gayundin sa mga karatig lalawigan. Ilan pa rin sa mga produkto bng barangay na ito ang mga kalalakihan at kababaihang nakikipagsapalaran sa ibayong dagat na matagumpay na naitataguyod ang mga pangunahing pangangailangan ng kanilang mga mahal sa buhay.

Sa taong ito ng bagong milenyo, ang Barangay San Juan ay umabot na sa kanyang ika-50 taong gulang.