Walang mapagbatayang nakasulat na kasaysayan ang nayon ng San Francisco. Ngunit sang- ayon sa kwento ng ilang matatanda, ang barangay an ito ay inihiwalay lamang sa nayon ng Mainaga. Noong panahong iyon ito ay kasama pa ng barangay na nabanggit tinawag itong “Pook Kanluran” na ang kinilalang Tenyente del Barrio ay si G. Apolonio de Torres sa ilalim ng pamamahala ng Kapitan ng Mainaga na si Eugenio Macalindol. Ninais ng mga naninirahan sa pook naito na humiwalay an sa Barangay Mainaga nang dumami na ang populasyon.

Noong ika-20 ng Enero taong 1963, inagurasyon ang Barangay San Francisco at dinaluhan ito ng mga namumuno noong panahonh iyon na sina Gobernador Feliciano Leviste at Mayor Rafael Amuaro. Hiniling sa kanila ng mga tao na isunod ang pangalan ng Barangay as Mahal na Patron San Francisco De Paola bilang paggalang, pag-alala at pagmamahal sa kanya.

Simula noon ang dating tinawag na “Pook Kanluran” ay anging isa ng ganap na Barangay at ito nga ang Barangay San Francisco na kung saan ang unang naging Kapitan ng Barangay ay si G. Bonifacio Aquiatan.

Sa kasalukuyan, ang nasabing Barangay ay pinamumunuan ng Kagalanggalang na Punong Barangay Leonardo Apostol.